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以OIE对侵袭丝囊霉菌的描述为例，水霉具有无隔膜类真菌菌丝结构。水霉具有两种典型的游走孢子结构，初级游走孢子由孢子囊中的圆细胞组成，在孢子囊顶部释放并形成孢子群，然后迅速转化为肾型的次级游走孢子。次级游走孢子的横向双鞭毛结构，使其能在水中自由游动，它的活性时期取决于环境和宿主的状态。通常来说，游走孢子形成包囊、出芽并产生新的菌丝，但是游走孢子的第三代孢子可能会从包囊中释放(多游现象)。
水霉菌感染范围较为广泛，可感染鱼体皮肤使鳞片脱落，也可感染咽部、食道、肝脏、肾脏、脾脏等实质性器官。当鱼体表现出明显症状时，说明菌丝已侵入鱼体肌肉深处，并向外延伸长出大量菌丝。
在水产养殖中，被感染的鱼体在头部、皮肤及鳍表面可见灰白色菌丝。在严重感染情况下，50%皮肤表面被覆盖。当水霉菌侵入机体内并分泌蛋白质分解酶时，可促使鱼体出现焦躁不安症状并与固体物质不断摩擦，严重时鱼体衰弱，游动无力，食欲减退，最后衰弱而死。当鱼体体表受伤时，造成水霉的游走孢子黏附于伤口，吸取鱼体体内营养而迅速生长，被感染的鱼多数呈上蹿下跳不安状游动。
